В начале 1556 года Игнатий Лойола из Рима переехал на дачу в ее окрестностях. Викарием шестидесятипятилетнего генерала в Риме стал избранный профессами отец Надаль. В июле в Риме Игнатий Лойола продиктовал своему ассистенту Джованни Поланко духовное завещание, простился с братьями ордена и умер на рассвете в пятницу 31 июля 1556 года. При его кончине присутствовали Лайнес, Сальмери, Родригес и Бобадилья. Остальные первые члены «Фаланги Иисуса» умерли раньше. Игнатий Лойола был торжественно погребен в Риме, в иезуитской церкви Марии де Страда. В 1622 году он был канонизирован первым из двадцати семи иезуитов, признанных святыми за пятьсот лет существования Общества Иисуса. В 1695 году родовой замок Лойолы был куплен испанской королевой Марией Анной Австрийской и подарен иезуитам, которые называли его «Santa Casa» – «Святой Дом».
Первый генерал Общества Иисуса стал примером для всех его преемников. Он был набожен и добродетелен, смиренен и человеколюбив, осторожен и назидателен, строг и справедлив, кроток и милосерден, мужественен и тверд. Он легко сопротивлялся сильным мира сего, служил задуманному богоугодному делу. Его проницательный ум и глубокая ученость дополнялись несокрушимой силой духа. Игнатий Лойола обладал доброй славой и общественным уважением. Он был безукоризненно честен и глубоко предан основанному им ордену.

Генерал иезуитов ежедневно получал множество донесений от провинциалов, ректоров, приоров, своих агентов, действовавших во всех частях света, ученых, писавших сочинения в защиту католической веры. В год смерти Игнатия Лойолы орден насчитывал тысячу членов, сто домов и имел двенадцать провинций – Италию, Португалию, Сицилию, Верхнюю Германию, Нижнюю Германию, Францию, Арагонию, Кастилию, Андалузию, Индию, Эфиопию и Бразилию. В 1556 году в Европе, в Испании, Италии и Португалии были основаны тридцать три школы, в которых обучали всех желающих. В 1555 году первых сто человек выпустила основанная в 1550 году Римская коллегия. В 1580 году она выпустила две тысячи учеников.
Во многих королевских дворах иезуиты были духовниками и советниками монархов и принцев королевской крови, которые также вступали в Общество Иисуса. Выдающийся пятый генерал ордена Клавдий Аквавива написал инструкцию для духовников государей, которая была утверждена общим собранием ордена. В соответствии с ней духовник не имел права оказывать никому явного покровительства и не должен был вмешиваться в дела, подлежащие ведению кабинета министров. Духовник не мог порицать деятельность высших государственных чиновников или делать им замечания от имени своего государя. Эту инструкцию вручали государю, который хотел иметь духовника иезуита.
Общество Иисуса при любом случае активно защищало принцип независимости духовенства для светской власти. Папа Иннокентий IV писал: «Светская власть имеет самое низкое и нечестивое происхождение. Некоторые лица возвысились посредством разбоя и убийства и сделались властителями и тиранами: вот происхождение светской власти. Земные царства достигают легальной формы своего существования лишь тогда, когда их повелители подчиняются духовной власти и получают из ее рук, как легальное достояние, то, что без этого подчинения имело бы характер насильственного захвата».
В послании от 10 октября 1584 года римский папа Григорий в соответствии с желанием, высказанным еще Игнатием Лойолой, объявил, что Общество Иисуса не принимает участия в деятельности инквизиции. Пятая общая конгрегация ордена в 1593 году под страхом отлучения от церкви запретила всем иезуитам предлагать, под каким бы то видом свои услуги инквизиционному трибуналу.

В 1750 году по договору, заключенному Испанией и Португалией, большая часть территории Парагвая должна была перейти португальцам. Иезуиты не подчинились, собрали двадцатитысячную армию и в течение трех лет отбивались от объединенных войск двух держав. В 1753 году территория Парагвая была поделена между Испанией и Португалией. Не ушедшие в леса местные жители стали рабами, а с «иезуитами поступили, как с мятежниками».
Игнатий Лойола одной из главных задач ордена считал педагогическую деятельность, организацию воспитания и образования молодежи. Иезуиты по всей Европе собирали в свой орден самых талантливых и умных людей. Они стали создавать иезуитские воспитательные и образовательные заведения, коллегии, в которых могли учиться все сословия, дети дворян, старост, горожан и крестьян. В 1548 году Обществом Иисуса была образована особая комиссия, которая в течение года составила программу преподавания в орденских коллегиях – «Ratioatque Institutio Stadiorum Societatis Jesu». В последующем общие конгрегации ордена вносили в нее только небольшие изменения.
Курс учения в иезуитских школах и коллегиях был разделен на две части – средний курс, который проходили в коллегиях, и на университетский курс, включавший философию и богословие.
Первыми были три грамматических класса. В первом учили основные правила латинского синтаксиса на основе самых легких писем Цицерона. Ученики изучали чтение и письмо, начала греческого языка и катехизиса. Во втором грамматическом классе изучались вся латинская грамматика на основе работ Цицерона и Овидия. В третьем грамматическом классе изучение латинской и греческой грамматики изучалось на основе трудов Цицерона, Овидия, Катулла, Пропеция, Вергилия, Иоанна Златоуста и Эзопа.
Во втором филологическом классе на основе Цицерона, Цезаря, Саллюстия, Тита Ливия, Квинта Курция, Вергилия, Горация, Исократа, Платона, Плутарха изучались иностранные языки и правила риторики, греческий синтаксис, чтение и письмо.
В третьем риторическом классе по Цицерону, Аристотелю, Демосфену, Платону, Фукидиду, Гомеру преподавали красноречие, ораторское искусство, поэзию, историю, законы риторики, христианскую религию.
На университетском курсе в первом высшем философском классе, рассчитанном на три года, изучали философию Аристотеля, логику, физику и метафизику, нравственную философию по «этике» Аристотеля, курс метафизики по Эвклиду и географию. Во втором четырехлетнем высшем богословском классе изучали Святое Писание, древнееврейский язык, схоластическое богословие, основанное на учении Фомы Аквинского, казуистику, греческий, халдейский, сирийский, арабский, индийский языки.

С самого начала управление учебными заведениями ордена иезуитов осуществлялось независимо от государства. В начала XVIII века уже было почти четыреста коллегий, в которых обучались сто пятьдесят тысяч учеников. В начале XVIII века орден имел более шестисот коллегий и почти сто пятьдесят пансионов, в каждом из которых обучались от двухсот до трех тысяч учеников. В иезуитских коллегиях получили образование Конде, Буллион, Роган, Люксембург, Монморанси, Валлар, Брольи, Флешье, Боссюэ, Флери, Тансен, Сегье, Аржансон, Талон, Потье, Монтескье, Моле, Гено, Декарт, Корнель, Фонтель, Мольер, Вольтер. В XVIIIвеке в руках иезуитов находилось подавляющее большинство средних и высших учебных заведений Западной Европы. Когда в 1842 году первый французский министр Тьер захотел изменить педагогическую программу в стране, шестьсот известных во Франции деятелей науки, культуры, искусства выступили в защиту своих учителей.
«Наши наставники воспитывали нас, черпая из самых чистых источников пищу для наших душ. История, философия, языки, литература, науки – все достигало до нас, пройдя предварительно через горнило очищения. Наши наставники внушили нам, что Бог и основанная Им религия просвещают разум, господствуют над ним и руководят совестью. Что все люди равны перед Богом и должны быть равны перед законом, который представляет собой его образ. Что государственная власть создана для народов, а не народы для нее. Что всякий гражданин, каково бы ни было его общественное положение, должен жертвовать собой Отечеству, должен отдавать ему, в случае необходимости, свое состояние и жизнь. Что измена Отечеству и тирания – преступление против Бога и общества. Мы хотим, чтобы вся Франция узнала истину: это иезуитское воспитание, на которое так много клеветали, проникнуто духом католицизма, а, соединяя религиозной чувство с преданностью отечеству, мы становимся лучшими гражданами и истинными защитниками нашей свободы и гражданских прав».
В 1757 году первый министр португальского короля Памбаль, возможно, из-за конфликта и иезуитами в Парагвае, необоснованно обвинил иезуитов в покушении на короля и изгнал орден из Португалии. В ночь на 20 сентября 1757 года все иезуиты в Лиссабоне были отведены под конвоем в свой дом послушания с запретом являться ко двору без приказания короля, а позже отправлены в Италию. Все имущество Общества в Португалии было конфисковано (возможно, это и стало истинной причиной конфликта). Папский посол был отправлен из Лиссабона в Рим, а португальский отозван из столицы Папской области. Конфликт продолжался десять лет.

Неаполитанское королевство начало судебное преследование против ордена иезуитов, признав его устав несовместимым с законами Неаполя. В ночь на 3 ноября все дома иезуитов были оцеплены, и членов отвезли в порт и выслали из королевства. Имущество, как обычно, конфисковали.
Герцог Фердинанд Пармский начал брать в своем герцогстве налоги с католической церкви, нарушив свои же привилегии и ограничив церковную юрисдикцию. Климент XIII отменил все эдикты Фердинанда Пармского и пригрозил ему и его министрам отлучением от церкви в случае дальнейших конфликтов. Ждавшие этого государи дома Бурбонов – короли Франции, Испании и Неаполя тут же сочли себя оскорбленными и потребовали от папы упразднения ордена иезуитов, якобы настроившего Климента XIII против них. Мощь и влияние Общества Иисуса основывалась вовсе не на недвижимости. Дому Бурбонов больше был нужен такой центр силы, как детище Игнатия Лойолы. Короли хотели править безнаказанно.
После отказа римского первосвященника Бурбоны отобрали у Папской области Понте-Корво, Беневент, Авиньон и Венсен. 2 февраля 1769 года Климент XIII умер. Сразу же после его смерти французский и испанский послы в Риме объявили, что разрыв Бурбонского дома с Папской областью может остановить только выбор папы, который устраивает их королей. Но Ватикан сделал по-своему. Конклав единогласно избрал римским папой члена францисканского ордена кардинала Лоренцо Ганганелли, ставшего Климентом XIV.
18 сентября 1769 года послы Бурбонов потребовали у папы упразднить орден иезуитов. В ответном письме королю Франции Климент XIV пообещал это сделать.