Таков устав нашего ордена, составленный нами под покровительством святого отца Павла и представленный нами на утверждение апостольского престола. Это краткий очерк, но, тем не менее, довольно ясный для тех, кто интересуется нашими намерениями и деятельностью. Он может служить руководством всем, кто пожелал бы вступить в орден. Мы по опыту знаем, каким тяжким испытаниям подвержена жизнь, подобная нашей, и потому постановили не допускать никого в наше Общество без предварительного искуса. В воинство Иисуса следует принимать только тех, кто высказал усердие в служении Христу и оказался чист в жизни.
Да ниспошлет Христос милость и благодать свою нашему слабому начинанию во славу Бога Отца, ему же слава вовеки. Аминь».
Орден был построен на принципах единоначалия и строгого централизма, безусловного повиновения воле старшего и железной дисциплины. 27 сентября 1540 года римский папа Павел III издал буллу «Regimina militandis ecclesiae». Орден иезуитов был официально учрежден под именем «Societas Jesu», «Общество Иисуса» в количестве шестидесяти человек: «Общество Иисуса состоит из тех, которые во имя Бога желают быть вооруженными под знаменем креста и служить одному Господу и первосвященнику римскому, Его викарию на земле. Принятые в Общество должны дать обет целомудрия, бедности, послушания генералу ордена и повиновения правящему церковью папе. Генерал ордена не ограничен в своей власти, но он обязан составить устав Общества с согласия большинства его членов. В управлении делами Общества ему предоставляется полная свобода».
Первый генералом ордена иезуитов в 1541 году в доме Гарцонио в присутствии пяти членов Общества – Лайнеса, Сальмерона, Кодюра, Леже и Пакье – Бруэ (Родригис и Ксавье были в Португалии) – единогласно был избран Игнатий Лойола. Все отсутствующие члены прислали свое письменное согласие. 17 апреля 1541 года этот выбор был утвержден Павлом III. Лойола получил неограниченную власть над членами ордена. В Обществе господствовала строжайшая дисциплина. Формально высшим органом у иезуитов являлась генеральная конгрегация, состоявшая из высших сановников ордена, но фактически вся власть была сосредоточена в руках генерала, при котором был совет из шести человек. Весь мир иезуиты разделили на провинции, в каждую из которых входили одна или несколько стран. Каждой провинцией руководили орденские провинциалы, имевшие при себе совещательные коллегии. Иезуиты жили не в монастырях, а в миру. Они должны были находиться в центре общественной жизни и оказывать на нее свое влияние, в соответствии с директивами ордена и интересами Римской католической церкви. Приоритетами в деятельности ордена иезуитов стали борьба с ересями и сектантством, распространение католицизма, осуществление политики Святого Престола, воспитание на основе догматов католической церкви подрастающего поколения, проникновения во все слои общества и в его правящие сферы с целью реализации задач ордена.
Сохранилось описание пятидесятилетнего Игнатия Лойолы: «человек среднего роста, слегка прихрамывающий, лысый, с лицом оливкового цвета, впалыми щеками, большим лбом, сверкающими и глубоко сидящими глазами». Первый генерал ордена набирал новых членов Общества Иисуса по принципу физического и умственного таланта. Принимались люди физически здоровые, энергичные, с хорошими умственными возможностями, по возможности хорошего происхождения. Бывшие еретики и женщины в орден не принимались. Штаб-квартира иезуитов находилась в Риме. В соответствии с уставом иезуиты не могли получать все высшие церковные должности. Игнатий Лойола отказался от кардинальского сана. Ни один из иезуитов не был избран римским папой.

Кастилии Миранда писал своему другу после своего назначения ассистентом генерала ордена:
«До моего прибытия в Рим, где предо мной раскрылись все тайны, я не имел настоящего понятия о значении нашего Общества. Его внутреннее управление представляет собою целую специальную науку, которую не знают даже сами провинциалы. Надо занимать мою теперешнюю должность, чтобы проникнуть во все эти тайны».
Провинциалам подчинялись ректоры иезуитских коллегий. В орден из коллегии отбирали юношей, отличавшихся талантами и успехами в науках. Послушники, или новиции делились на три группы – светские (будущие учителя, чиновники, бухгалтеры), духовные (будущие монахи, священники, миссионеры) и безразличные, наклонности и таланты которых еще не определены. Послушником ордена мог стать всякий, кроме бывшего уже послушником в каком-нибудь другом ордене, в возрасте пятнадцати – восемнадцати лет. Все время послушания они поднимались в четыре утра и ложились в девять вечера.
В течение двадцати дней послушники находились в «пробном доме» – domus probationis, под присмотром попечителя и его помощника. Если желание вступить в орден оставалось твердым и претенденты удовлетворяли своим поведением начальников пробного дома, то юноши производились в действительные новиции и поступали в новициат, в котором проходили искус, на два года. В первый год новициаты работали в больницах и выполняли самую черную и грязную работу. Во второй год они занимались совершенствованием своего образования, духовными упражнениями, ходили к Святым местам, просили милостыню, проповедовали, по средам и пятницам перед сном совершали самобичевание, умерщвляли плоть, обычно цепью, состоящей из звеньев в форме лошадиной подковы длиной и шириной до трех сантиметров. Каждое звено цепи было снабжено зубцами на внутренней стороне.
После двухлетнего новициата юноши давали обеты бедности, целомудрия и послушания и становились духовными коадьюторами. Первые два года из называли схоластиками, «испытанными ученикам». Они служили в коллегиях и миссиях помощниками. После этого в соответствии со способностями и талантами иезуиты становились проповедниками, духовниками, ректорами, профессами – элитой ордена. Теперь их называли действительными коадъютерами, «coadjutors formati». Они посвящались в духовный сан и отвечали за содержание коллегий, миссий и профессорских обителей. Светскими коадьюторами могли стать и те, кто оказал ордену важные услуги, союзники Общества.
После торжественного произнесения обетов достойные претенденты не моложе тридцати трех лет переходили в класс исповедников трех обетов.
Высший класс ордена иезуитов, его высшую ступень иерархии составляли профессы. Они давали еще четвертый обет, присягу безусловного повиновения папе. Профессом мог стать только талантливый, умный, знающий, опытныц иезуит. Профессам поручались важнейшие дела. Именно они становились провинциалами, ассистентами, ректорами, знающими тайны ордена. Даже во время расцвета ордена их не бывало более пятидесяти. Один из первых иезуитов вспоминал: «Генерал полагался на них вполне. Они редко жили спокойно в своих обителях, обычно только тогда, когда болезнь или какая-нибудь другая причина мешала им служить. Большею частью они передвигались по всему свету и служили миссионерами у язычников, боролись с ересью, были правителями колоний в отдаленнейших частях света, духовниками у государей, уполномоченными Общества в тех станах, где у него еще не было коллегий, то, наконец, папскими легатами, ассистентами генерала в Риме, управляющими провинциями, настоятелями професских обителей и ректорами коллегий. Они были освобождены от обязанности воспитывать юношество, которая была поручена исключительно кадьюторам. Зато они должны были являться на общие собрания, или генеральские капитулы, созываемые периодически в Риме. Здесь они совещались о переменах, которые предполагалось произвести в орденских уставах, и по смерти генерала выбирали из своей среды ему преемника».

В декабре 1549 года римский папа Павел III издал буллу «Magna charta», в самом ордене названную «морем вольности иезуитов»:
«1. Генерал Общества по своем избрании получает полную власть над Обществом и над всеми его членами, где бы они не прибывали и в каком бы сане и должности ни состояли. Его власть должна простираться до того, что он может, если найдет нужным для славы Божьей, отзывать и давать иное назначение даже тем членам, которые отправлены с поручением от самого папы.
2. Без согласия генерального капитула генерал не может принимать никаких высших духовных должностей, и члены не имеют на это право без разрешения генерала. Член Общества, уличенный в намерении достичь такого звания какими бы то ни было открытыми или тайными средствами, делается недостойным Общества Иисуса и никогда уже не может получить какого-нибудь важного поручения, должности или дела.
3. Для порядка и поддержания дисциплины не допускается никакой аппеляции на орденские правила ни к каким судьям и властям. Также никто не может разрешить члена ордена от его орденских обязанностей.
4. Ни генерал и никто из высших лиц ордена не обязаны уступать его членов в распоряжение других церковных сановников, кто бы они ни были, патриархи, архиепископы или епископы, несмотря ни на какие их приказы. Члены, уступленные орденом в распоряжение других духовных властей, все-таки остаются под властью своего начальства и могут быть каждую минуту отозваны генералом.
5. Генерал или его уполномоченные должны иметь власть разрешать всех членов Общества, а также всех, изъявивших желание вступить в него или служить ему в мире, от всех грехов, совершенных до и после вступления в орден, от всех духовных и светских наказаний, даже от церковного отлучения, кроме тех немногих случаев, которые указаны в булле папы Сикста IV, как исключительная принадлежность римского престола, но разрешение теряет силу, если получивший его мирянин не вступит немедленно в Общество.
6. Ни один член ордена не должен никому исповедоваться, кроме генерала и уполномоченных им на это лиц. Особенно же ни под каким видом не исповедоваться священникам и монахам других орденов. Также никто, вступивший однажды в орден, какую бы степень он ни занимал в нем, ни професс, ни коадьютор, ни простой ученик, не может без позволения генерала покидать орден, или переходить в другой, кроме картезианского. Нарушившего это запрещение генерал может лично или через уполномоченных преследовать как отступника, схватить и посадить в тюрьму, и светские власти обязаны ему в этом содействовать.
7. Все члены ордена, а также его имущества, доходы и владения не подлежат ведению, надзору и суду епископов и архиепископов и находятся под особым покровительством папского престола.
8. Члена ордена, получившие священнический сан, могут всюду, где находятся, иметь собственные часовни и молельни и вообще воздвигать алтари в каком-нибудь приличном месте. Даже во время папского интердикта они могут читать мессу и причащать при закрытых дверях и по удалении всех отлученных и еретиков. Во всех городах и странах, подвергнутых интердикту, отлучение не распространяется на мальчиков и слуг, находящихся у иезуитов, их прокураторов и помощников из мирян.

В 1548 году Игнатий Лойола написал «Exercitia Spirituala», «Духовные упражнения», произведшие большое впечатление на европейское общество. Они стали правилами, необходимыми каждому иезуиту. Это сочетание молитвы и самоиспытания, воображаемого разговора с Богом и святыми. В первую неделю упражнений следовало просить милостыню, во вторую – представить себе образ и жизнь Христа, в третью – историю страстей Христовых, в четвертую – Воскресение Христово. Затем следовали три ступени очищения. Первая ступень касалась размышления о прошлых грехах, вторая – созерцания Христа, третья – сближения с Богом. Дойдя до третьей степени, кающийся произносил молитву: «Все в Боге, все от Бога, все возвращается в Богу». Игнатий Лойола писал в своем труде, который готовил почти тридцать лет:
«Под именем Духовных упражнений понимается всякий способ испытания совести, размышления, созерцания, молитвы словесной и мысленной и других духовных действий. Ибо как телесным упражнением является гуляние, бегание, хождение, так и всякий способ, которым душа приготовляется для своего освобождения от всех неупорядоченных влечений, и после их уничтожения, для поиска и обретения воли Божьей по отношению устройства своей жизни и для спасения своей души, – называется Духовным упражнением.
Каждое из пяти ежедневных упражнения или созерцаний должно продолжаться один час. Упражняющийся должен скорее увеличивать время Упражнения, чем уменьшать его, ибо искуситель обычно старается заставить нас сократить время, отведенное созерцанию, размышлению и молитве.
Человек сотворен для того, чтобы хвалить Господа Бога своего, почитать Его и служить Ему, и через это спасти свою душу. Все же остальное, обретающееся на земле, создано ради человека, для того, чтобы помочь ему достичь цели, ради которой он сотворен. Отсюда следует, что человек настолько должен пользоваться всем созданным, насколько оно ему помогает в достижении его цели, и настолько должен от него отказываться, насколько оно ему в этом мешает. Поэтому необходимо стать настолько бесстрастным ко всем творениям, насколько это возможно нашей свободной воле и не запрещено ей. Так, чтобы мы не жалели скорее здоровья, чем болезни; богатства, чем нищеты; почести, чем унижения; жизни долгой, чем короткой, и так далее, желая и избирая только то, что нас лучше ведет к цели, для которой мы созданы».