Меченосцы не подчинялись римскому папе, а были орденом рижского епископа. С 1208 года «братьям воинства Христова» передавалась третья часть завоеванных в Балтии земель. Орден меченосцев стал государством.
«Ordo et collegium fratrum militae» состоял из братьев-рыцарей, братьев-священников и братьев-служащих. По уставу вступающий в орден давал четыре обета – безусловного послушания орденскому начальству, целомудрия, бедности и обет посвящения все своей жизни борьбе с язычниками и неверными. Орденские братья были обязаны ежедневно присутствовать на богослужениях, имели общий стол и жилище в появившихся орденских замках. Они одевались в простую черную или коричневую одежду из грубой ткани, были обязаны коротко стричься и носить короткую бороду. Им запрещались любые развлечения, включая охоту.
Братьями-священниками, капелланами, могли стать только давшие орденские обеты лица духовного звания. Они одевались в узкий белый кафтан с красным крестом на груди и без нашитого меча. Братья-священники всегда ходили в походы вместе с братьями-рыцарями. Ни один орденский брат не мог исповедаться и получить отпущение грехов ни у кого другого, кроме орденского брата-священника.
Братьями-рыцарями могли стать только дворяне, клятвенно удостоверившие перед приемом, что они благородного происхождения, с указанием, когда они или их предки получили дворянство. Будущие братья-рыцари должны быть рождены в законном браке, неженаты, не принадлежать ни к какому другому ордену, не заражены никакими болезнями и ничего никому не обещать до вступления в орден.
Сам орден меченосцев никого не возводил в рыцарское звание. Вступающий рыцарь давал клятву, четыре обета и торжественно принимался в орден. На него возлагали рыцарский плащ, опоясывали рыцарским поясом, вручали меч, щит, копье и палицу. Орден также назначал рыцарю оруженосца и давал три лошади. Само оружие вручалось без всяких украшений, но очень высокого качества. Брат-рыцарь одевался в длинный белый кафтан и белый плащ, на левой стороне которого на уровне груди был нашит красный крест и под ним красный меч.
Братья-служащие, стрелки, арбалетчики, слуги, кузнецы, повара были только простого сословия. Перед вступлением в орден меченосцев обязательно проверяли, что служащие никому не принадлежали в качестве раба. Они также давали клятвы и обеты.

В 1234 году под Юрьевом состоялось большое сражение войска меченосцев с владимирскими дружинами князя Ярослава Переяславского, которого сопровождал юный сын Александр, в будущем ставший Невским. Русское войско смогло загнать меченосцев на лед реки Эмбах, где заранее были приготовлены припорошенные соломой полыньи. Многие рыцари утонули, меченосцы проиграли сражение.
В 1236 году по приказу рижского архиепископа войско ордена меченосцев выступило на завоевание литовской Жемайтии. 21 сентября меченосцы были разгромлены литовским войском в битве при Шауле. В бою погиб великий магистр Фольквин фон Винтерштеттен и еще пятьдесят знатных рыцарей. Многие меченосцы попали в плен.
В марте 1237 года войско меченосцев во главе с магистром Бруно было разгромлено под Дорогичином дружинами князя Даниила Галицкого.
Епископы Рижский, Дерптский и Эзельский обратились к римскому папе с просьбой дать согласие на присоединение меченосцев к Тевтонскому ордену. Сами тевтонцы, борясь с упорно защищавшимися пруссами, не очень этого хотели, боясь, что у них не хватит сил для борьбы на два фронта. 14 мая 1237 года в папской резиденции Витербо под Римом был подписан договор об объединении меченосцев и тевтонцами. Было создано особое отделение ордена Марии Тевтонской, вошедшее в историю под именем Ливонского ордена. Устав нового ордена утвердил папа Григорий IX. Владения Тевтонского ордена состояли из части Палестины, в которой в Акре пока еще находилась резиденция ордена, острова Сицилии, Франконии, германских земель, Пруссии и Ливонии – Лифляндии, Эстляндии и Курляндии. Тевтонский орден в Ливонии возглавил орденский магистр, гермейстер Герман Балк, ставший и орденским магистром Пруссии. Рыцари нового объединенного ордена стали одеваться в белые мантии с черным крестом.
Крестоносцы стали укрепляться в Ливонии и Финляндии. Датчане хотели занять все юго-восточное побережье Финского залива. Шведы стремились завоевать Карелию и устье Невы. В июле 1240 года объединенное пятитысячное шведско–норвежско-финское войско во главе с финским епископом Томасом при впадении реки Ижоры в Неву было разгромлено тысячной дружиной новгородского князя Александра Ярославича, после битвы ставшего Невским.

Поражение Ливонского отделения Тевтонского ордена в войнах с русскими и литовцами поставили его в сложное положение. При содействии императора Рудольфа Габсбургского из германских земель в Балтию пошел поток рыцарей. В Балтии были построены мощные замки Эльбинг, Виндава, Мариенбург, Гольдинген, Митава, Мариенвердер. До начала XIV века Ливонский орден был очень тесно связан со своим руководством в Пруссии. К середине XIV века булла римского папы положила конец ленной зависимости Ливонского ордена от балтийских епископов, его территория включала две трети латвийских и эстонских земель.
С 1309 года резиденцией великого магистра Тевтонского ордена стал Мариенбург, который превратился в столицу большого государства. С Тевтонским орденом по могуществу в Восточной Европе не могло сравниться ни одно государство. Орден владел землями от низовьев Вислы до Мазовии и Литвы.
Во главе государства Тевтонского ордена стоял великий магистр, гохмейстер, избираемый пожизненно. Орденский капитул при гохмейстере был совещательным органом. Все земли Тевтонского ордена разделились на области, которыми управляли комтуры. Этими территориями управлял дейтшмейстер, который единственный, кроме великого магистра, мог собрать орденский капитул. Только это общее собрание ордена могло судить и менять гохмейстера, издавать законы. Общий капитул Тевтонского ордена собирался ежегодно.
Великий магистр имел пять помощников. Великий комтур заведовал всеми финансами ордена. Великий маршал командовал войсками. Важную роль играли великие госпитальер, казначей, гардеробмейстер. После смерти или гибели великого магистра гонцы сообщали об этом во все командорства ордена. По два представителя из них прибывали в Мариенбург. Собравшаяся консистория назначала командора-избирателя, который выбирал второго избирателя, затем они вдвоем выбирали третьего. И так далее. Выборщиков должно было быть тринадцать человек: восемь братьев-рыцарей, четыре брата-служителя и священник. Выборщики давали клятву не избирать незаконнорожденного или бывшего преступника. После обсуждения кандидатов выбирали великого магистра. Звонили колокола, в церкви новому гохмейстеру зачитывали его права и обязанности, он получал регалии из рук священника ордена.

Знаменитый Кенигсберг был основан в 1255 году в северо-восточной Пруссии, в устье реки Прегель, и быстро стал базой ордена в завоеванных замлях. Деревянную крепость быстро заменили на каменную, которую обнесли валами, рвами, палисадами. Стены семиметровой высоты и двухметровой ширины венчали массивные башни. С 1312 года в Кенигсберге находился великий маршал Тевтонского ордена. С самого основания Кенигсберг стал важным морским портом, через который экспортировались в Европу, в Любек, Брюгге, Лондон хлеб из славянских земель. С 1453 года Кенигсберг стал столицей Тевтонского ордена и резиденцией великого магистра.
Ордену подчинялись множество вассалов – немцы, поляки, немногие уцелевшие пруссы. Подрядчик покупал или получал от командира лицензию на участок земли, где обязывался построить деревню и заселить ее колонистами из Германии. Подрядчик становился фогтом и судьей деревни и платил ордену земельный налог. Крестьяне получали землю от флота, а не от ордена, который владел водами, лесами, рудниками, правами на охоту и на рыбную ловлю. Тевтонцы строго соблюдали безопасность водных и сухопутных путей, что привлекало на его территорию много купцов. Гохмейстер Тевтонского ордена выступал с речью на ежегодном всеобщем капитуле: «Все наши города и простой народ живут под нашей охраной. Прелаты, вассалы и простонародье не нарадуются миру и справедливости. Мы никого не давим, ни на кого не налагаем беззаконных тягостей. Мы не требуем того, что нам не принадлежит, и все благодаря Богу управляются нами с одинаковой благосклонностью и справедливостью».
В XIV веке орден Марии Тевтонской основал шестьдесят городов и тысяча четыреста деревень. Рыцари организовали масштабные мелиоративные работы, осушали и орошали земли, что обеспечивало большие урожаи пшеницы, ржи, овса, ячменя, бобов, гороха, моркови, еды для простого народа. Орден вывел особую породу лошадей, пригодную для тяжелой конницы и земледельческих работ, вывел новые породы скота, овец, коз, свиней, даже домашней птицы. За один раз при сборе земельного налога орден мог получить, в частности, шестьдесят тысяч петухов. Домены и фольварки ордена, в которых находились более пятнадцати тысяч лошадей, десять тысяч коров, шестьдесят тысяч овец, двадцать тысяч свиней, занимали более тысячи квадратных километров.
Тевтонский орден направлял через свои земли весь транзитный поток товаров, шедших из Польши и южнорусских земель к балтийскому побережью. В этом ему помогало то, что тевтонцы чеканили орденские монеты и тщательно оберегали их от подделок. Эти монеты ходили по всей Европе. Орден запретил иностранным купцам транзит по Висле, по всей ее длине с юга на север. Монополию перевозок сохраняла орденская корпорация привисленских судовладельцев.