27 мая 1306 г. Великий Магистр иоаннитов Фуке де Вилларе подписал договор с генуэзским корсаром В. Виньоли — через несколько дней 35 рыцарей и 500 пехотинцев, приплывшие на 6 судах, высадились на Родосе, имевшем две великолепные гавани — Порто дель Мандраччио на северной части острова и Порто-Мерконтильо на южной. Почти четыре года иоанниты воевали за Родос, пока не укрепились на нем.
На последнем этапе в 1309 г. в результате кровопролитных боев рыцари изгнали турок и сарацин под командованием Галла и обосновались на Родосе и семи соседних островах.
В 1310 г. иоанниты перенесли сюда резиденцию Ордена и стали называться "сувереном Родоса", что было утверждено папой Климентом V.
Однако Ордену принадлежали не только Родос с близлежащими островами, но и значительные владения в Европе. В 1312 г. после разгрома ордена тамплиеров-храмовников  большая часть его имущества и недвижимости в соответствии с буллой римского папы Климента V перешло к родосским рыцарям. Только в Европе иоаннитский Орден тогда имел 656 командорств, в каждом из которых обязательно был организован госпиталь.
  Структура Ордена святого Иоанна На Родосе окончательно сложилась иерархическая структура Ордена иоаннитов.
"Орден рыцарей госпиталя святого Иоанна Иерусалимского" имел военно-духовную организацию. Орден был полностью независимым от какой-либо власти и поэтому стал называться суверенным (державным) и обладал светскими правами — обмениваться послами и заключать договоры с другими государствами. Орден имел четко разработанную структуру. Все правила, должности и обряды описаны в специальном "Уложении о разделении и постановлениях…"
Орден сделался столь многочисленным и мощным, что было решено разделить его составные части по национальному признаку — на "Нации" (или "Языки"). Существовали 8  "Языков" для выходцев из следующих стран и местностей: 1) Прованса, 2) Оверни, 3) Франции, 4) Италии, 5) Арагона с Каталонией и Наваррой, 6) Кастилии с Португалией, 7) Германии и 8) Англии [30]. Рыцарем мог стать лишь член одной из вышеназванных "наций".
"Рыцари по справедливости" (cavalieri di giustizia), а именно они занимали все должности в Ордене, должны были иметь восемь поколений благородной крови. От немцев требовалось предъявить доказательства их происхождения по 16 поколениям, а от испанцев и итальянцев — лишь по четырем поколениям.
"Рыцарями по милости" (cavalieri di grazzia) были лица, принятые в рыцари в виде исключения за военные подвиги без доказательств своего дворянского происхождения или происходившие от отцов-дворян и матерей-горожанок. Позднее в Ордене появились так называемые рыцари благочестия (chevaliers de dewotion), которые не принимали монашеских обетов.
Братья-священники — капелланы — заведовали духовными и религиозными делами Ордена.
Орденские служащие делились на оруженосцев (serventi d arme) и служащих по хозяйству (serventi di staggio).
Рыцарь должен был первые пять лет прожить в орденском общежитии — в братстве, питаясь за общим столом. Обед рыцаря состоял из 400 граммов мяса, кружки вина и 6 хлебцев. В праздник мясо заменяли рыбой и яйцами.
Орденское одеяние было установлено еще первым главой Ордена Жераром де Торном. Но уже при папе Александре IV были введены следующие правила. Все рыцари, в отличие от прочих членов Ордена, носили красную военную рясу с белым полотняным крестом и черный орденский плащ. Орденская одежда, одеваемая рыцарями перед сражением, представляла собой малиновую бархатную накидку с белым шелковым крестом на груди. Братья и служащие носили в мирное время черную рясу, а во время войны — черный плащ.
Со времени основания Ордена рыцари, кроме белого креста на одежде, носили серебряный крест той же формы, сначала на четках, а затем и на груди. Ношение серебряных крестов было официально установлено орденским Капитулом в 1631 г.
Каждая "нация" состояла из Приоратов и Великих Приоратов, бальяжей и командорств. В начале XIV в. иоанниты имели около 30 приорств во Франции, Испании, Португалии, Италии, Англии, Ирландии, Германии, Чехии, Венгрии и Польше.
Великий Магистр — правящий государь Ордена — избирался пожизненно в течение трех дней после смерти своего предшественника рыцарями-выборщиками, провоевавшими не менее трех лет и не менее тринадцати лет служивших Ордену. Великий Магистр имел решающий голос во всех орденских делах, осуществлял все назначения на должности, и присваивал почетные звания. Великий Магистр имел право каждые пять лет выделять одно командорство тому, кому считал нужным, при условии открытой вакансии. Это командорство называлось магистральным, респонсии с которого шли непосредственно Великому Магистру.
Верховную власть Ордена осуществлял Священный Капитул, в первое время созывавшийся Великим Магистром раз в 3 года. Капитулу подчинялся постоянный Совет (consiglio ordinario), состоящий из Великого Магистра, восьми столпов, провинциальных приоров и капитульских бальи и осуществлявший управление Орденом.
Великий Магистр совместно с восемью столпами — начальниками Наций (Прованса, Оверни, Франции, Арагона, Кастилии, Италии, Англии, Германии) руководил Советом и Священным Капитулом Ордена.
Великий Командор (он же казначей) — столп Прованса — считался первым заместителем Великого Магистра ("потому что Герард, основатель Ордена, как некоторые утверждают, был из Прованса").
Великий Госпитальер (или гостеприимник) — столп Франции — ему надлежало нести ответственность за госпитали, врачей, ухаживающий персонал и приобретение медикаментов.
Великий Консерватор (или драпиер) — столп Арагона — был интендантом; в его обязанности входил также контроль ежегодных выплат рыцарям на их личные потребности.
Великий Канцлер — столп Кастилии — являлся министром иностранных дел, готовил все декреты и решения правительства Ордена и вместе с Великим Магистром подписывал их. Он также руководил государственным архивом.
Великий Адмирал — столп Италии — осуществлял командование всеми морскими судами Ордена, офицерами и рядовым составом экипажей, а также наемниками, служащими на кораблях. Снабжение вооруженных сил находилось в совместной компетенции Адмирала и Великого командора.
Великий Маршал — столп Оверни — командовал пехотинцами и был председателем третейского суда, разрешавшим разногласия между рыцарями.
Туркополиер — столп Англии — командовал кавалерией, караульными войсками и вспомогательными силами Ордена.
Великий Бальи — столп Германии — отвечал за сохранность оборонительных сооружений, обеспечение боеприпасами и продовольствием.

В 1535 г. флот иоаннитов совместно с испанскими кораблями совершил один из первых рейдов на алжирских пиратов Хайруддина Барбароссы. Начав поход из Сардинии и города Порто-Фарино, испанцы и рыцари осадили и взяли турецкую крепость Гулетту — арсенал Барбароссы, освободив около 10.000 христианских пленников и захватив 300 пушек и 87 галер. Штурмом был взят и разграблен город Тунис, в котором рыцари не остались, а вернулись домой.
В 1540 г. в Англии король Генрих VII, яростно боровшийся с папским Римом, запретил деятельность Ордена на подвластной ему территории и конфисковал имущество английских госпитальеров (в Англии Орден был восстановлен указом королевы Виктории лишь спустя более 300 лет — в 1888 г.). Вместо английского "Языка" в структуре Ордена появилась Бавария.
В 1551 г. турецкое войско напало и разграбило плохо укрепленные районы островов Мальта и Гоццо, при этом 6300 местных жителей были угнаны в рабство. Иоанниты начали укрепление островов и своей столицы Gitta notable. У входа в Большую гавань они выстроили форт Сент-Эльмо, заново отстроили форт Сан-Анжело, город Биргу, построили форт Сан-Микаэль для защиты нового города Сенглеа.
В 1551 г. турецкое войско на 112 галерах, 2 галеасах, 3 транспортных судах и бригантине, везших 12.000 солдат во главе с Синам-пашой, попыталось высадиться на Мальте, но было отброшено иоаннитами и ушло к Триполи замок, мужественно защищаемый рыцарским гарнизоном во главе с комендантом маршалом Ордена Гаспаром де Валлье, был взят.
Через девять лет галеры Мальтийского ордена совместно с испанцами участвовали в попытке возвращения этого важного стратегического порта в Северной Африке, но Триполи отбить не удалось.
18 мая 1565 г. тридцатитысячная турецкая армия, состоящая только из янычар под командованием сераскера Мустафы-паши, возглавлявшего турецкую армию при завоевании Родоса в 1522 г., прибыла к Мальте на двухстах кораблях. Высадка произошла 19 мая 1565 г. на юго-восточной части острова в Марсамшетт. В распоряжении Великого Магистра Жана Паризо де ла Валетта было 600 орденских рыцарей и 7000 солдат. Позднее из Сицилии удалось перебросить на Мальту тысячу испанских аркебузиров и около сорока орденских рыцарей.
Военные действия турки начали с обстрела форта Сан-Эльмо, который защищали 120 рыцарей и рота испанцев. Защитники отстаивали форт до 21 июня, когда погибли последние остатки гарнизона. В боях за форт погибло около 10.000 турок.
Началась осада Бирги, которая 15 июля выдержала ожесточенный штурм. После этой неудачи 1000 янычар на 10-ти кораблях попробовала обойти Биргу через южную сторону форта Сант-Анджело, но нарвалась на засадную батарею Ордена, первый же залп которой отправил на дно 9 судов и 800 янычар.

До 7 августа продолжался непрерывный обстрел крепости, и штурм, произошедший в этот день, увенчался бы успехом, если бы отряд, направленный Ла Валеттом, не разгромил лагерь турок, отступивших на его защиту. 18 августа еще один турецкий штурм был отбит благодаря изумительному мужеству рыцарей и Великого Магистра Жана де Ла Валетта, раненного в ногу в бреши крепостной стены.
6 сентября 1565 г., за день до окончания осады, на восточном побережье Мальты высадился отряд солдат, посланный испанским королем Филиппом II из Сицилии. Турки, потеряв 25.000 человек, покинули Мальту. Потери Ордена составили 260 рыцарей и 7000 солдат. Когда Мустафа-паша узнал, что сицилийцев было всего 6000 человек, он попробовал вернуться на остров, но был отброшен и окончательно ушел в Турцию.
После этой осады Бирга в 1565 г. получила наименование "Читта Витториоза" — "город Победы".
В 1566 г. султан Сулейман вторично приказал штурмовать Мальту — перед отплытием флота в Стамбуле взорвался арсенал, уничтожив бульшую часть кораблей, стоявших поблизости — "большая часть галер сгорела, а пороховые и хлебные запасы взлетели на воздух"
28 марта 1566 г. на юго-западе от форта Сен-Эльмо на горе Сцеберрас (напротив Бирги и Сенглеа по другую сторону Большой гавани) Великим Магистром Ла Валеттом был заложен новый город. Лавалетта стала столицей орденского государства в 1571 г.
К 1632 г. население Мальты составляло 50.000 жителей, основным поставщиком продовольствия для которого был Неаполь.
В 1653 г. Мальтийский орден купил у французского короля Людовика XIV группу островов в Вест-Индии — Санта-Крус, Сен-Бартелеми, Ла Тортуга и часть островов Сен-Мартен и Сент-Кристофер, которые через 12 лет были проданы иоаннитами французской Вест-индской компании.
В 1670 г. система фортификационных сооружений была расширена. Были построены новые форты и бастионы. Лавалетта, Бирга и Сенглеа составляли единый укрепленный мегаполис вокруг Большой Гавани.
К концу XVII в. Орден превратился в независимую державу, обладающую прославленным флотом. Морская академия на Мальте была лучшей в мире. Сыновья многих правителей проходили там курс обучения. Европейские монархи брали себе на службу мальтийских капитанов и адмиралов.
Орден учреждал публичные школы и построил знаменитый Мальтийский колледж, который затем получил статус университета.
Рыцарский Орден поощрял занятия искусством, музыкой, наукой.
Госпитальеры построили также публичную библиотеку, которая была одной из крупнейших в Европе той поры.
В начале XVII в. флот Мальтийского ордена из семи галер имел славу лучшего флота в Средиземноморье, постоянно уничтожавшего морских пиратов. Мальтийский орден участвовал в военных действиях испанцев в Северной Африке против Алжира, с Францией в колонизации Канады — только за первую половину века рыцари одержали 18 больших побед на море над флотами Туниса и Алжира.
В 1602 г. мальтийские рыцари захватили на западном побережье Пелопонесского полуострова города Лепанто и Патры, в 1611 г. — город Коринф, в 1606 г. одержали морскую победу у Сан-Маро. В 1615 г. на Мальте попытался высадиться пятитысячный турецкий десант, но сразу же был сброшен в море.
В 1643 г. по приказу римского папы Мальтийский орден участвовал в военных действиях против герцогства Пармы и Пьяченцы
Флот Мальтийского ордена участвовал и в венецианско-турецкой войне 1645–1669 гг., в частности, в 1656 г. принимал участие в разгроме турецкого флота в Эгейском море — у выхода из пролива Дарданелл.
Крупным морским походом флота Мальтийского ордена против Турции стала совместная итальяно-неаполитанско-мальтийская экспедиция к берегам Мореи, приведшая к завоеванию Наварина и Хиоса.

Появление Великого Приорства Российского католического и желание вступить в Орден большого количества лиц некатоликов привело Императора к идее создания другого Приорства, в которое можно было бы принять русских поданных некатолического вероисповедания. Прецедент уже был налицо. Ведь вскоре после основания Великого Приорства Российского в нем из восьми бальи Большого Креста было лишь два католика. А из тридцати пяти членов Приорства — третья часть — десять человек, тоже не были католиками.
Бальи Дж. Литта пытался склонить руководство Ордена к решению отделить некатоликов в самостоятельный Приорат. И этого удалось добиться 1 июня 1798 г. Однако последующие события не дали воплотить в жизнь это решение.
Франция стремилась создать себе на Средиземном море опорные пункты. 8 мая 1798 г. французский флот вышел из Тулона и Генуи, направляясь к Египту. На пути Бонапарт в июне 1798 г. захватил остров Мальту" Во время французской революции Мальтийский орден, рыцарями которого были представители многих древнейших дворянских родов Европы, постоянно ободрял и поддерживал французских эмигрантов, представляя старинные привилегии дворянства. Это и было главной причиной ненависти к нему руководства Французской республики, захватившей все орденские владения во Франции. Мальта стала прибежищем французской аристократии, что и послужило поводом к захвату острова.
Штурмовать Мальту Наполеон поручил своему генералу Бертье, но штурма не понадобилось. 10 июня весь остров, кроме Лавалетты, Бирги и Флорианы (главных крепостей компактно расположенных вокруг Большой Гавани) принадлежал высадившимся французам, которым почти не было оказано сопротивление. После суточного перемирия 12 июня 1798 г. на борту "Ориона" Наполеон Бонапарт и представители Ордена и острова подписали капитуляцию, из уважения к прошлой славе Ордена названную конвенцией — Мальта переходила под суверенитет Французской республики.
По этому документу (полностью приводится в Приложении № 10) Мальтийский орден лишался островов Мальта, Гоццо и Комино и всей недвижимости; имущество рыцарям разрешалось забрать, Магистру Гомпешу назначалась пенсия и было обещано "доставить… по смерть, какое-либо владение, соответствующее тому, которого он лишается…".  13 июня 1798 г. Мальта была сдана французам.
53 рыцаря из находившихся на острове перешли на службу к Бонапарту, позднее, во время египетской экспедиции создав особую боевую единицу Мальтийский легион. За неделю пребывания Наполеона на Мальте он по своему обыкновению "достойно" наградил мальтийцев за неоказание сопротивления все титулы на острове были отменены, рыцарские гербы скалывались со зданий, кафедральный собор был ограблен подчистую, одних книг с Мальты было вывезено 972.840 экземпляров (Судно с книгами затонуло у берегов Египта, Мальтийская библиотека была безвозвратно утеряна). Французам достались 4 фрегата, 3 галеры и 2 грузовых корабля, 1200 пушек, 30.000 ружей, 13.000 бочек пороху и продовольствие на 6 месяцев. "Сокровища, взятые здесь ими, были бесчисленны"
Покидая Мальту, Гомпеш (Магистр Ордена) увез с собой святыни Ордена — правую руку Иоанна Крестителя, Филермскую икону Божией Матери, часть Животворящего Креста, Орденские Печать, Корону и "Кинжал верности". Все остальное спасти от разграбления не удалось.
Захват французами Мальты в 1798 г., потеря почти всего достояния Ордена и его казны, как и позорный акт о капитуляции были вменены в вину Фердинанду фон Гомпешу. Многие рыцари Ордена, принадлежавшие к различным приорствам и "языкам", отправились в поисках убежища во владения своего Протектора — в Россию.
15 августа 1798 г. кавалеры и сановники Российского Приорства Мальтийского ордена, созданного Павлом I и состоявшего из 88 командорств, заручившись поддержкой около ста зарубежных кавалеров, находившихся в России, торжественным актом признали Великого Магистра Гомпеша, сдавшего без боя Мальту Наполеону, — виновным в "глупейшей беспечности" (de la plus stupide negligence), или соучастником измены. Гомпеш был объявлен низложенным, Павла I попросили принять Мальтийский орден под свое державство.
10 сентября 1798 г. в Декрете Императора содержалась ратификация актов Великого Приорства Российского и заявление, что он принимает "весь благомыслящий корпус под Наше верховное правление и Императорским Нашим словом обещаем не только сохранить его во всех установлениях, привилегиях и почестях, но и употребить все старания, от нас зависящие, к восстановлению его в то почтительное состояние, в коем он находясь, споспешествовал пользе всего христианства вообще и каждого благоразумного государства частно"
Там же указывается, что Петербург впредь "будет являться главным местом проведения ассамблей Ордена" и приглашение всем Языкам и Приорствам, равно как всем членам Ордена, "выразить согласие с этим постановлением"
27 октября 1798 г. в Санкт-Петербурге члены Великого Приорства Российского и другие рыцари Ордена, находящиеся в российской столице, составили Прокламацию, в которой провозгласили Императора-Протектора Великим Магистром.
Однако Павел I не спешил с принятием этого титула. Он хотел заручиться поддержкой духовного главы Ордена — папы Пия VI.
5 ноября 1798 г. папа написал в Петербург графу Дж. Литта из монастыря Кассини близ Флоренции, что он пришел в ужас: "узнав, что Великий Магистр (фон Гомпеш. — Авт.), ради спасения собственных интересов, проявил недостойную слабость, принеся в жертву весь Орден". И далее, ссылаясь на "Декларацию" Павла, он писал: "мы будем сотрудничать с любой властью, которая необходима, так как в дополнение к напечатанному Акту, подписанному Императором, все остальные "языки" и приории, вместе и по отдельности, приглашаем присоединиться к вышеназванному акту, чтобы Орден мог быть восстановлен в своем былом величии". Папа не знал еще о решении капитула Великого Российского Приорства, поэтому заключил письмо следующими словами: "Мы хотели бы узнать, сколько рыцарей из других приорий присоединились к благородному порыву Императора, и какую резолюцию они могут принять в подтверждение этого и в пример другим".
Только узнав о содержании этого письма, Павел принял титул Великого Магистра, решив, что формальное согласие папы имеется. 13/24 ноября Император принял этот титул. "Мы принимаем титул Великого Магистра этого Ордена, и в связи с этим возобновляем личные обещания, которые мы делали ранее в качестве Протектора, а именно — на вечно сохранить неприкосновенными все учреждения и привилегии этого знаменитого Ордена, как в отношении свободного отправления религиозных и различных контактов с этим связанным, которые вытекают отсюда для Рыцарей католического вероисповедания, так и в смысле юрисдикции Ордена, местопребывание которого Мы назначаем в Нашей Императорской Резиденции; сообщаем также о том, что Мы не прекратим в будущем употреблять Наше влияние для роста Ордена…"

Так как почта перлюстрировалась, содержание этого письма стало известно Канцлеру Безбородко, который доложил о нем Императору.
Разгневанный Павел I лишил бальи Литта звания лейтенанта Великого Магистра, и графу было предписано покинуть столицу.
Проходит два года. Орден переживает в России свой кратковременный расцвет. И хотя провозглашение Императора Павла I Великим Магистром противоречило Конституции и Каноническому Праву Католической Церкви, оно было принято многими Великими Приорствами и большинством дворов Европы.
Необходимо вновь и вновь подчеркнуть, что "мальтийская политика" Павла I не только не всегда была понятна его современникам, но ее неверно трактуют до сих пор. Вот почему мы обращаем внимание на следующий малоизвестный факт. Сын Павла I Николай I, будучи уже Императором, тоже никак не мог уяснить, почему его отец, будучи русским православным царем, был провозглашен в Санкт-Петербурге Гроссмейстером католического ордена, зависимого от Святого Престола в Риме. Его вопросы продолжались до тех пор, пока известный русский дипломат барон Брюннов не объяснил ему истинное значение происшедшего: Император Павел надеялся собрать под знамена Мальтийского Ордена все живые силы старой Европы, материальные и моральные, военные и религиозные, чтобы повсюду противопоставить социальный порядок и христианскую цивилизацию, против идей разрушения, порожденных Французской революцией.
Пий VII в своих письмах к фра Бартоломео Русполли и к фра Жану Баттисте Томмази настойчиво проводил одну и ту же мысль, что следует ясно различать два положения: что провозглашается "de jure" и существует "de facto". В соответствии с этим следует иметь в виду, что с точки зрения канонического права Католической церкви и Конституции Суверенного Ордена, Святой Престол никогда не признает законность избрания Великим Магистром Российского Императора Павла I, хотя он и обнаруживал такое свое желание в связи с историческими условиями 1798–1801 гг. — терпеть de facto то, что не было признано de jure. Таким образом, Святой Престол принял "решение молчания".
  Итак, Император Павел I был Великим Магистром Суверенного Ордена святого Иоанна Иерусалимского "де факто". Происшедшие события следует рассматривать в следующем аспекте.
Большая группа рыцарей Ордена, собравшись на то историческое заседание Великого Приорства Российского и будучи недовольны действиями и поведением Великого Магистра фон Гомпеша, провозгласила Императора Великим Магистром Ордена. Почти все европейские правители это решение приняли и одобрили, никто из них не протестовал, папа публично не высказался. Ситуация была такова, что было необходимо как можно скорее решать проблему по сути выживания Ордена, его дальнейшего существования. Павел I решил ее так, как ему подсказывала его христианская совесть. Мы ни в коей мере не хотим оправдать Императора Павла I, да, он был честолюбив, но и не хотим считать его узурпатором. Он был в то время единственным, кто протянул руку помощи погибающему католическому Ордену. Что поделать, если рука эта принадлежала не католику, а православному.
Приведем ниже мнение старейшего историка Мальтийского ордена графа Мишеля де Пьерредона из его книги "Политическая история Суверенного Ордена святого Иоанна Иерусалимского":
  "Мы должны от всего сердца воздать дань той роли, какую сыграл Император в то время, когда он держал под контролем бульшую часть Ордена, не открыв кредита для его памяти, которая имеет точное определение. И хотя его избрание произошло не по всем правилам, статутам и законам Ордена, оно было безоговорочно признано. С позиций самого Ордена следует сказать по правде, что, после падения Мальты, Орден нашел пристанище в Санкт-Петербурге с уцелевшими членами Ордена и, вне всякого сомнения, благодаря этому Орден избежал полного уничтожения. И за это Орден обязан ему благодарностью"
Активность Императора в этом вопросе затрагивала папу также персонально, ибо, если бы Павлу I удалось восстановить Орден святого Иоанна Иерусалимского на принадлежащем ему острове Мальта, то и сам папа был бы готов учредить свою резиденцию на Мальте под могучим покровительством Российского Императора
Так выглядят цели и задачи российской политики в Средиземноморье в изложении А.М. Станиславской:
  "Мальта входила в тот круг объектов экспансии великих держав на Средиземноморье, который включал еще и Неаполитанское королевство, Албанию, Грецию, Ионические острова. Тому, кто хотел укрепиться на Средиземном море, Мальта была необходима.
Главными претендентами на обладание ею явились Франция и Англия. В русской политике Мальта была тесно связана с Ионическими островами. Установление протектората России над Ионическими островами привлекло внимание Павла к Мальте — в руках какой-либо другой державы она могла стать угрозой для русских интересов на островах.
Интерес Павла к Мальте объяснялся, однако, не только желанием сделать ее опорным пунктом русской экспансии на Средиземном море. В Мальтийской политике Павла была еще одна весьма характерная сторона: царь мечтал возродить мальтийский орден рыцарей святого Иоанна Иерусалимского для борьбы против революции и революционных идей.
В июне 1798 г. Франция захватила Мальту. Гроссмейстер Ордена Гомпеш 12 июня 1798 г. подписал акт капитуляции. Павел использовал свое влияние для того, чтобы противопоставить Франции высшие чины иоаннитов. Русский филиал Ордена в особых манифестах 15 августа 1798 г. и декларации 16 августа 1798 г. объявил о признании протектората Павла, об аннулировании Конвенции, заключенной Гомпешем с Бонапартом, и об отрешении от сана Гомпеша и других сановников ордена, заключивших акт капитуляции. Вслед за тем Россия объявила о своем протекторате над Орденом.
Захват французами Мальты, Ионических островов и ряда пунктов на Ионическом побережье резко изменил отношение России к Франции. Была достигнута договоренность о совместных действиях русского и турецкого флотов против Франции. 24 августа русская эскадра под командованием Ф.Ф. Ушакова в составе 6 линейных кораблей и 6 фрегатов прошла Босфор. Осенью 1798 г. французские войска были выбиты с островов Цериго, Занте, Кефалонии, Святой Мавры; жители их вместе с русскими сражались против французов. 18–20 февраля 1799 г. остров Корфу был взят в результате ожесточенного штурма.
Не говоря уже о том, что фактически Мальта оставалась в руках Франции, и предстояло еще освободить ее от французов, соглашений Павла с орденом было далеко недостаточно для того, чтобы осуществить основную цель Павла закрепление в той или иной форме русского влияния на Мальте".